读取数据
注意：直接导入excel绘制热图时可能会出现Na报错，先另存为txt再导入
# 读取data
data <- read.table("heatmap/data.txt",
row.names=1,# 第一列为行名
header=T,# 第一行为变量名
sep="t") # 指定分隔符号
# 读取用来制作热图的行
datai <- data[1:27,]
数据处理
# 如果datai直接绘制热图时报错：需要数值型
# 则先将datai中数据格式转换为数值型(会丢失行名)
datan <- as.data.frame(lapply(datai,
function(x) as.numeric(as.character(x))))
# 返回行名 rownames(datai)
# 返回列名 colnames(datai)
# 将行名赋给datan
row.names(datan) <- rownames(datai)
绘制Heatmap
# 构建分组信息
annotation_col = data.frame(Rank = factor(c("Info. gain", "Gain ratio","Gini"
,"Info. gain", "Gain ratio","Gain ratio"
,"Gain ratio", "Gain ratio","Gain ratio")),
Moddel = factor(c("Neural Network", "Neural Network","Naive Bayes"
,"Neural Network", "Neural Network","Random Forest"
,"Neural Network", "Logistic Regression","Naive Bayes")))
rownames(annotation_col) <- colnames(datan)
保存PDF时
landscape mode是指宽度比高度宽的模式，也就是俗称的宽屏模式；
portrait mode是指高度比宽度高的模式，也就是俗称的竖屏模式；
# 修改参数，绘制heatmap
p <- pheatmap(datan,
scale="column",# 按列标准化
border_color = "white",
cluster_rows = F,
cluster_cols = F,
legend = F, # 去掉图例
angle_col = 315, # 标签角度(“270”, “0”, “45”, “90”, “315”其中的一个)
#main = "标题"，
#cellwidth = 60,cellheight = 20, # 设置热图方块宽度和高度
#display_numbers = T, # 热图上显示数值
annotation_col = annotation_col,# 加入分组信息
)
更详细参数参考：https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/109172871
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文章来源: 博客园
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