1、度量准确性指标

 

1.1AlphaFold极大提高了蛋白质结构预测准确性

 

2. 原理及应用

2.1 论文介绍

 

2.2 原理

 

2.2.1 流程图

2.2.2 搜索同源序列和模版

 

2.2.3 特征构造

 

2.2.4 特征表示

2.2.5 残基对表示与MSA表示之间互相交换信息

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2.6 残基的抽象表示转换成具体的三维空间坐标

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2.7 计算Loss:Frame aligned point error(FAPE)

 

 

2.3 训练的5个模型

 

3. 安装与使用

3.1 安装教程

这里:AlphaFold2安装过程、在线服务器及使用体验

3.2 本地版与官方在线版区别

 

3.3 输入和输出文件

 

3.4 使用Chimera可视化pLDDT

3.5 通过Colab使用AlphaFold2

 

 

 

 

3.6 比较本地版、AlphaFold DB和Colab得到的预测结构

 

 

 

 

 

参考视频: